Zeebrugge zal zich verder zal specialiseren in enkele specifieke trafieken, naast de containers en de roro, ook de papier- en pulpladingen, de landbouwproducten, de behandeling van nieuwe wagens en de distributiefunctie.
De haveninfrastructuur moet worden aangepast aan de verwachte groei van deze trafieken. Dat omvat o.a.
- de verdere uitbouw van het Albert II dok tot containerplatform: uitbreiding van de APMT, bouw van een derde grote containerterminal (voor PSA-HNN) en bouw van een shortsea containerterminal (voor CdmC). Zeebrugge is immers één van de weinige Europese havens die voldoende diepgang bieden om de grote, hedendaagse containerschepen (14.000 TEU) probleemloos te behandelen.
- de omvorming van een gedeelte van de huidige achterhaven tot een getijhaven. Door het wegwerken van de Visart-sluis kunnen op termijn 340 ha sluisvrij en dus zonder tijdsverlies ingezet worden voor het expansieve roro-verkeer.
- de verdere uitbouw van de achterhaven; de verlenging van het Zuidelijk Kanaaldok, het bouwen van kaaimuren en de creatie van een nieuwe distributiezone. In deze Maritieme Logistieke Zone (MLZ) zullen maritiem aangevoerde goederen opgeslagen worden en bewerkingen ondergaan vooraleer ze met toegevoegde waarrde verder gedistribueerd worden.

Het havenbestuur is ook verantwoordelijk voor een vlotte bediening van het Europese hinterland. De vrachtwagen zal de belangrijkste verkeersdrager blijven, de haven moet dus optimaal ontsloten worden door vlotte verbindingen met de grote Europese autowegen. Aanpassingswerken aan de N31 (expresweg rond Brugge) en de N34 (naar Antwerpen) evenals een aangepaste verbinding tussen deze twee verkeersaders staan op het programma. Het spoor en de binnenvaart zullen vanwege de schaalvoordelen en het hun milieuvriendelijke aspect in de toekomst een grotere rol gaan spelen. Zeebrugge moet daar innovatief op inspelen. De spoorcapaciteit van Zeebrugge moet door grootschalige infrastructuurwerken tegen 2013 kunnen verdubbelen. Het inzetten van estuaire vaartuigen op de Westerschelde moet grote volumes containers makkelijk en efficiënt tot bij het Europese netwerk van binnenwateren brengen. Een aansluiting op het project "Seine-Nord" via de "Brugse Ommevaart" (verbreding en aanpassing van een bestaand kanaaltracé) zal de druk op de Brugse ringvaart verminderen en grotere capaciteiten toelaten.

De zeehaven van Brugge blijft ambitieus en ziet de toekomst positief tegemoet. Zeebrugge heeft dan ook enkele grote troeven in handen: de modernste uitrusting, de know-how van de arbeidskrachten en vooral een unieke geografische ligging. Die drie pijlers staan garant voor het verdere succes van de haven in de 21^e eeuw.