De terreinen in het havengebied worden voor lange periodes (tot 25 jaar) in concessie gegeven aan terminaluitbaters. Deze stuwadoorsbedrijven zijn privé-bedrijven die instaan voor een deskundige behandeling en opslag van de goederen. De haven van Brugge-Zeebrugge wordt onderverdeeld in 3 zones: de voorhaven, de achterhaven en de binnenhaven van Brugge. Daarnaast zijn er in de onmiddellijke omgeving van de haven nog industrieterreinen beschikbaar voor niet-watergebonden activiteiten: de ‘Transportzone Zeebrugge’ en de bedrijventerreinen ‘Blauwe Toren’, ‘Waggelwater’ en ‘Herdersbrug’.